舞台は獣人ロボットのような外見の人々が暮らすエドロポリスという街。
ここは将軍が君臨する幕府の統治のもと繁栄していた。
だが現在の将軍は愚かでのんきな人柄であり、
それにつけこんでコーンノカミという上級家臣は幕府を転覆させて支配者になろうと画策していた。

何者かによる幕府転覆の企みを密かに察知した幕府の役人は隠密特殊部隊を組織する。
彼らは普段は世をしのぶ仮の姿として宅配ピザの店員をしているが、
コーンノカミの配下であるカラス天狗たちが悪事を働いたときには
エドロポリスを守るヒーロー、ニャンキーとなって悪の企みをくじくのだ。
ニャンキーの戦闘メンバーはドジな熱血系主人公ヤッ太郎、キザなハンサム男、元気な女の子の三人。
その他、彼らを現場まで大砲で撃ち出す係の女の子などのサポートメンバーも居る。

一方、悪の組織のはずのカラス天狗たちの若きリーダー格であるカラ丸は、
ヤッ太郎たちとの戦いの日々を過ごすうちに悪の道に疑問を感じはじめていく。
俺って本当はあいつらみたいにピザ屋として働く方が性にあってるんじゃね？

戦いの日々は過ぎ、ニャンキーたちはついに幕府転覆の企みを完全につぶす。
そして訪れた平和な日々、そこにはニャンキーたちのピザ店のライバル店の店員として
ヤッ太郎と張り合うようにピザを配達するカラ丸の姿があった。

おしまい